A hagyományos platonikus elméletet sokan és sokfelől bírálták. Közülük a legnagyobb csoportot a keresztény mágusok alkotják. A mágusok nagy többsége keresztény környezetből származik és keresztény emberek közt él, ezért néhány pogány származású, tünde vérű vagy radikálisan gondolkodó mágus kivételével, nem tagadják meg egyértelműen a kereszténységet. Azonban a többség nem követi a keleti vagy nyugati Egyház, vagy valamelyik eretnek mozgalom esetleg az Iszlám dogmáit, hanem a platonikus mágiaelmélettel összhangban fogja fel a kereszténységet. Ez ellen léptek fel azok a mágusok, akik ragaszkodtak a vallási dogmákhoz, és a mágiaelméletet is csak ezekkel összhangban tudták elképzelni. Magukat legtöbbször csak igaz keresztényeknek vagy keresztény mágusoknak hívták, míg ellenfeleiket mágia hivőknek nevezték.
A vita legfőbb kérdése Isten helyzete a világban. Az igaz keresztények Istent tartották a legfőbb és mindenható hatalomnak, aki nincs alávetve semmilyen törvénynek, a mágia hívők viszont Istent csak mint alkotó erőt fogadták el, aki ugyanúgy alá van vetve egy magasabb rendnek, mint mindenki más, és mindenhatósága csak ezen a renden belül érvényes. Ez utóbbiak szerint a keresztény vallás csak az egyszerű emberek számára szolgál útmutatással, a mágusok önerőből, a világban fennálló rendet megismerve tudnak felemelkedni az anyagi világból. Ezzel szemben a keresztények az Egyház által képviselt vallásban látják az üdvözülés egyetlen útját, és tagadják, hogy a végső szürkület mentességet adna az isteni ítélet alól.
A keresztény mágusok egyik fő problémáját a mennyei aura hatása jelenti. Hogy lehetne mágiát művelni, ha Isten elutasítja azt? A standard magyarázat szerint, a mágia mint evilági erő, alacsonyabb szinten áll mind Isten hatalmánál, mind a bukott angyalok hatalmánál. Az olyan területeken tehát, ahol ezek a magasabb hatalmak vannak jelen, az evilági mágia csak korlátozottan használható. A mágusok között egyébként is erkölcsi szabály, hogy templomban vagy más szent helyen, tilos bármi fajta mágia használata.
A keresztényekkel szemben álló radikális mágia hívők Istennek nem is tulajdonítottak kiemelt szerepet, sőt egyesek eljutottak az ateizmusig is. A mágusok többsége azonban csak mérsékelten mond ellent a vallási dogmáknak, és próbálnak nem nagyon foglalkozni a dologgal. A keresztények persze nagy erőbedobással próbálják felrázni és az igaz keresztény útra terelni rendtársaikat.
Természetesen ez az egész kérdéskör igen kényes, mert ha a Renden kívülre kerülnének a keresztény dogmákkal ellentétes elgondolások, az könnyen a mágusok elleni üldözésekhez vezethetne. A quaesitorok többször próbálták betiltani a vallási témákkal foglalkozó könyveket és vitákat, de ezek a próbálkozások nem jártak tartós sikerrel.
A nem latin tradícióhoz tartozó, elsősorban ex Miscellanea és Björnaer mágusok pogány eredetű hagyományaikkal egy harmadik oldalt képviseltek a vallási vitában. Azonban ebben a vitában csak mellék szerephez jutottak, mert az elsősorban keresztény teológiai kérdésekről folyt, amihez nehezen tudtak hozzászólni. Teológiai megnyilatkozásaik leginkább csak a diabolizmus vádjának kivédésére szorítkoztak.
Nekik inkább a bonisagusi hagyományokhoz foggal, körömmel ragaszkodó konzervatív mágusokkal kellett vitába szállniuk, akik az általuk barbárnak tartott mágiától próbálták védelmezni a szent hagyományt. A nem latin mágiát űzők azzal érveltek, hogy Bonisagus az általa ismert mágikus hagyományokat fogta egy rendszerbe, és az újabb mágikus hagyományok beillesztése csak ennek módszernek a folytatása. A konzervatívok viszont azt állították, hogy a bonisagusi mágia az ami tökéletesen megfelel a szellemi formáknak, tehát ezt nem lehet bővíteni anélkül, hogy megbontanánk tökéletességét. Az idők folyamán ezeknek a hagyományőrzőknek annyit sikerült elérniük, hogy a különleges mágikus eljárások megmaradjanak az ex Miscellanea házon belül.
Egy további irányzatot képviseltek a misztikus tanokat követő elsősorban Criamon házi mágusok. Ők elsősorban a platonikus elméletben a felsőbb létezők megismerésére, az azokkal való egyé válásra helyezik a hangsúlyt. Nem annyira az evilági dolgok és a könyvek tanulmányozásával, hanem misztikusabb, különlegesebb úton próbálják a mágikus tudást megszerezni. Egyes irányzatokban nagy szerepet kap Isten, vagy bizonyos felsőbb szellemek, akik a valódi tudás adják át az embereknek. Különböző gnosztikus és manicheus elképzelések is fellelhetők egyes mágusoknál, és bizonyos irányzatok hihetetlenül összetett kozmológiát és megváltás tant dolgoztak ki. Jellemző az ilyen mágusokra az anyagi világ megvetése, és törekvés az erkölcsös életre, a megtisztulásra és a felemelkedésre.
Természetesen ezek a misztikus irányzatok elvetik a többség által művelt mágiát. Azt állítják, hogy az csak alacsonyabb rendű tudás, vagy az igaz tudás része, amit rossz célra használnak. Igazi vitáról nem beszélhetünk a misztikus tanok követői és ellenfeleik közt, mert a teljesen eltérő szemléletmódok szinte lehetetlenné teszik egymás megértését.
Filozófiai oldalról is érték támadások a platonikus elképzeléseket. Az egyik szélsőséges irányzat például azt az elgondolást támadta, hogy létezik egy magasabb valóság, és az ottani rend érvényesül az anyagi világban. Szerintük az emberi elme az ami a világban tapasztaltakat elrendezi a maga számára, és nincs egy olyan magasabb szintű rend, amihez alkalmazkodhatna. Ez a filozófiai vita elsősorban a 15 Művészet alapját érinti a mágia szempontjából. Kérdés, hogy az öt technika és a tíz forma önálló transzcendens létezőkön alapszik, vagy csupán emberi gondolatok, amik az érzékelhető világban tapasztaltakat rendezik el. Például a Terram Művészet körébe tartozó dolgok azért tartoznak oda mert a Terram transzcendens formája így rendezte a világot, és Bonisagus ezt a magasabb rendet ismerte fel, vagy azért mert Bonisagus a világban létező dolgok egy csoportját, bizonyos ésszerű elvek alapján, oda sorolta. A dolog tétje az, hogy létezik-e egy tökéletes tudás, ami megfelel annak a rendnek ami a világ fölött áll, vagy mivel nincs egy magasabb rendű létező ami megszabná a világ rendjét, csak bizonytalan tudás lehetséges, ami ugyan javítható, de sose lesz abszolút és biztos. A vita érinti a Mentem művészetét is, mivel kérdés, hogy a helyes emberi gondolkozás egy magasabb rendű elvet követ, vagy csupán a szükségleteknek megfelelően alakul. Ez az irányzat végül nem terjedt el széles körben, hanem csak egy szűk csoport vallotta magáénak.
Volt néhány olyan mágus is, aki Arisztotelész kategória rendszerét akarta összhangba hozni a bonisagusi technikákkal és formákkal, de nem értek el átütő sikert. Az arisztotelészi filozófia majd csak a 13. század közepétől fejt ki jelentős hatást, amikor végre ismerté vállnak a Filozófus természettudományos és metafizikai művei is.
Folytak viták különböző részkérdésekről is. Az egyik ilyen problémás pont a lélek illetve az emberi szellem kérdése. Az egyik magyarázatra váró kérdés, hogy a Mentem mágia hogy hathat a nem anyagi, hallhatatlan emberi szellemre. A probléma megoldására feltételeztek egy köztes tudatot, ami anyagi természetű, és ami a kapcsolatot tartja a szellem és a világ között. Ennek a köztes anyagi tudatnak a feladata az érzékek összegyűjtése és rendezése, valamint a szándékok közvetítése. Sokan azonban feleslegesnek tartották ezt a köztes tudatot, és úgy tartották, hogy az emberi szellem a saját gyengesége és tudatlansága miatt hajlamos arra, hogy anyagi hatásoknak engedelmeskedjék, és ezt használják ki a Mentem varázslatok
A Corpus és a Mentem különállása miatt sokan úgy tartották, hogy az emberben teljesen elkülönült a szellem és a lélek. Az alacsonyabb rendű lélek az ami megformálja, élteti és mozgatja a testet, és a magasabb rendű szellem az ami gondolkodik. Ez az elgondolás azonban ellenkezik azzal az általános felfogással, hogy az emberi lélek egységes. Mások a Corpust csak a testhez kötötték, míg az összes lelki-szellemi funkciót a Mentemhez. Ez azonban a Herbam és az Animal Művészetek egységét kérdőjelezi meg, mert akkor ebben az esetben is szét kéne választani a növényi illetve állati lelket és testet. A legtöbben egységesnek tartják az emberi lelket ami a test formáját is adja, és ennek az egységes léleknek a különböző részeivel foglalkozik a Corpus és a Mentem. Ez a megoldás azonban abból a szempontból problémás, hogy így a két művészetnek azonos lesz a tárgya.