A Rend egyik fontos összetartó eleme a többé kevésbé egységes mágiaelmélet, amit Bonisagus dolgozott ki. Egységes mágiaelméleteket már korábban is sokan próbáltak megalkotni, de Bonisagus módszerének az volt az újdonsága, hogy ő nem egybegyúrni akarta a különböző tradíciókat, hanem a közös részeket felkutatva megtalálni azt az alapot, amire a különböző mágikus tradíciók épülnek. Ezzel elsőként alkotott olyan mágiaelméletet, ami nem kötődött semelyik valláshoz vagy filozófiai irányzathoz sem. Többek közt ennek lesz köszönhető az, hogy míg az ókorban a varázslók mindig a papi rétegbe tagozódtak, a középkorban papi réteg és a mágus réteg teljesen elkülönül.
Bonisagus elsősorban a platonikus filozófia híve volt, mint legtöbben a művelt mágusok között akkoriban, de a fenti okok miatt elméletében ez csak nehezen érhető tetten. Nem kívánok részletesen kitérni arra, hogy még milyen más hagyományok és mi módon hatottak Bonisagusra, pusztán csak annyit jegyeznék meg, hogy igen sok különböző görög-római és barbár mágikus hagyományt vett alapul.
Azonban meg kell jegyezni, hogy ez az elmélet korántsem olyan univerzális, mint azt a hermetikus mágusok elképzelik. Nagyon sok fontos mágikus hagyományt, mint például a jóslásokat vagy szellemidézéseket, csak nagyon nehezen, vagy egyáltalán nem lehet az elmélet segítségével leírni.
Az elméletet egy 16 kötetes könyvben az Ars Magicaban írta le. Ez a legfontosabb könyv a Renden belül. Nem sokkal a Rend megalapítása után kezdte írni a mágiaelmélettel foglalkozó kötettel. Szűkebb értelemben ennek a címe az Ars Magica. Utána sorra vette mind a 15 művészetet, és mindegyikről összefoglalt minden fontos ismeretet.
A sorozat kötetei sorrendben: I. Ars Magica. II. Ars Vis. III. Ars Terrae. IV. Ars Aquae. V. Ars Aurae. VI. Ars Ignis. VII. Ars Herbae. VIII. Ars Animalis. IX. Ars Corporis. X. Ars Imaginis. XI. Ars Mentis. XII. Ars Intellegendi. XIII. Ars Creationis. XIV. Ars Perdendi. XV. Ars Mutationis. XVI. Ars Regendi.
A könyvek azóta alapműnek számítanak. Minden fontos szerző ezekre hivatkozik saját elméletének kifejtésekor. Ezek alapján döntik el, hogy mi fér bele a Hermetikus mágia keretei közé, és mi nem. A fontos conventusoknak presztis kérdés, hogy rendelkezzenek egy teljes sorozattal belőle.
Mivel Bonisagus a teljességre törekedett, és minden témára próbált ugyanannyi figyelmet fordítani, a későbbiekben születtek komolyabb munkák egyes Művészetekről. Maga a szöveg elég nehezen érthető, részben Bonisagus sajátos stílusa, részben a fogalmazás tömörsége és a manapság már nehezen értelmezhető utalások miatt.