A 11. második felétől a harcok utáni békés időszak jobban kedvezett a tudományos munkának. Kezdték újra elővenni a régi műveket, és ismét felmerültek a régi problémák. Sorra születtek meg a kommentárok a korai mesterek könyveihez. Ekkor zajlottak le a legnagyobb mágiaelméleti viták, részben a korábban már felmerült kérdésekről, részben a korai könyvek értelmezéséről. A korai időszakkal ellentétben, ekkor már nem születtek nagy horderejű újítások, hanem a meglévő tudás rendszerezése és tisztázása zajlott le. Ez a folyamat a 12. század közepére zárult le, amikor kialakult az, hogy mely álláspontok számítanak a Rend, ezen belül elsősorban a Bonisagus ház hivatalos álláspontjának.
Egy másik része az ekkoriban született könyveknek, az üldöztetések elültével, különböző nem hermetikus hagyományokat és tanításokat próbált beleilleszteni a bonisagusi mágiába. Ezek legtöbb esetben csak szűk körben terjedtek el, mint például az Ex Miscellanea vagy a Merinita ház egyes csoportjainál. Történtek kísérletek a Művészetek és a világi tudományok mint például az orvostudomány összhangba hozására is.